Los andes constituyen el eje organizador de los ecosistemas peruanos. La riqueza de esta cadena montañosa radica en la diversidad de sus pisos ecológicos, que permiten desarrollar la actividad agrícola durante todo el año y que, al reproducir gran parte de los ecosistemas del planeta, admiten prácticamente cualquier tipo de cultivo. El clima de las partes más altas y sus pastos favorecen la cría de la alpaca y de la llama. Los valles del flanco oriental, con pendientes pronunciadas, clima cálido y húmedo y suelos profundos, mantienen una flora y fauna abundantes; en estas zonas se cultiva el cacao y el café.
Además, en los Andes peruanos se encuentran una amplia gama de minerales y metales que convierten a Perú en uno de los países mineros más importantes del mundo. Existen yacimientos de cobre, plata, oro, plomo, zinc, hierro, carbón y sal, además de uranio, arcilla, fosfatos, manganeso, molibdeno, tungsteno y calcáreas. Como característica principal de los yacimientos peruanos hay que destacar su carácter polimetálico.
La cordillera de los Andes, que atraviesa el Perú de sur a norte y en toda su extensión, tiene un desplazamiento altitudinal que llega en muchas partes hasta más de 5 000 msnm, y, en consecuencia, origina una alta variación de las formaciones vegetales y de las especies de fauna, siendo de suma importancia para el hábitat peruano a considerar.
La cordillera de los Andes ejerce, también, una tremenda influencia sobre los seres humanos, con una serie de adaptaciones tanto en lo fisiológico (mayor número de glóbulos rojos, piel más dura) y morfológico (mayor tamaño del tórax y de los pulmones). Igualmente, ha permitido el desarrollo de conocimientos y tecnologías propias para cada realidad geográfica, como es la domesticación de plantas y animales de cada región.